Ce musée, spécialisé dans l’explication et l’exposition de pièces de l’époque inca, dresse un portrait très détaillé tout en restant accessible de la culture inca. On y trouve des céramiques, des tissus, des bijoux, des objets et ustensiles quotidiens (par exemple, une grande collection de gobelets en bois peint, les qeros), ainsi que quelques momies. Il est organisé en plusieurs parties : la période pré-inca, la période inca ; et la destruction de l’empire. Chaque partie explique les habitudes, coutumes, des différents peuples de l'empire dans les domaines de l’art, de la médecine, de l’organisation sociale, de l’agriculture, du travail des métaux, etc. Quand au cadre dans lequel ces trésors sont exposés, la maison coloniale aux fondations inca est dotée de riches décorations, statues, colonnades, plafonds décorés à profusion, fenêtres taillées donnant sur une superbe vue des collines alentours.